医院行政办公室现有主任1名、干事5名，下辖目标督查办公室、医改办、档案室、打印室、收发室，是医院内部的综合协调服务和对外沟通交流机构。

医务部是在医院党委、行政的领导下设立的专门负责医疗工作管理的一级科室。科室设立于1976年，接受业务副院长直接领导。医务部下设医患沟通办、病案统计科，中医管理科与医务部合署办公。

护理部是医院重要临床支持与管理职能部门，目前有职工6名，设有正、副主任各1名，下辖护士规范化培训管理办公室，设副主任1名。护理部下设28个护理单元，涵盖内科、外科、急诊医学科、重症医学科、手术麻醉科、新生儿科、血液透析中心等科室。科室于2020年创建成为绵阳市医学甲级重点专科，多次被评为医院先进集体。

医院感染管理科于1997年05月成立，医院感染管理科在医院党政班子领导下，在医院感染管理委员会的指导下开展医院感染管理及质控中心工作，设置三级管理组织，切实落实感控工作。科室现有专职人员6人，其中硕士1名，本科4名，专科1名；高级职称3名，中级职称1名，初级职称2名；1名同志当选为四川省卫生监督协会第二届消毒与感染控制专业委员会委员。

后勤保障科成立于2014年，是医院运行的重要支持部门。科室现有职工36名，设主任1名，下设综合组（16人）、空调组（7人）、修缮组（10人）和污水处理组（2人）四个专业组。

医院医保科现有主任1名、干事13名，是医院内部的医保管理服务和对外医保沟通交流部门。日常工作主要包括医院医保基金监管、物价管理、医保报销、门慢特办理、特药“双通道”办理。

资产管理科成立于2017年，现有职工10名，设主任1名。部门主要由资产管理和物流管理两大板块构成，下设固定资产管理、医用耗材管理、物资仓储配送等职能岗位。

医疗质量管理控制科于2021年设立为独立科室（一级科室），现有职工5名，设主任1名。

公共卫生科‌是在医院党委、行政的领导下设立的专门负责公共卫生工作管理的一级科室。科室设立于2024年，现有职工5人，其中主任1名，干事4名。主要负责传染病管理、食源性疾病监测、慢性病管理、母婴管理、放射安全管理、健康教育等工作。

人力资源科由医院原“政工科”发展而来，伴随医院发展与管理理念不断革新，科室名称历经综合部、人力资源部、人事科、干部人事科等变迁，2021年2月，正式更名为人力资源科。科室现有职工3名，设主任1名，下辖离退休人员管理办公室。

科教科是医院的教学、科研、继续教育、学科建设管理、培训管理的职能部门，坚持以严谨、求实、服务、创新、高效的理念服务全院职工。科室于2010年3月独立设置，培训管理中心与科教科合署办公。现有职工7人，其中科教科主任1名、科教科副主任1名（借调病案统计科）、培训管理中心主任1名、干事3人。

医院财务部由财会室、财务科发展而来，现有职工33名，设副主任1名。部门主要由收费管理和财务核算两大板块构成。其中专职会计11人，收费员22人。专职会计中按职称分类有中级会计师6人、初级会计师5人；按学历分有研究生1人、本科生6人、大专4人。收费员22人，其中收费组长1人，门诊收费员17人，住院收费员4人。

病案统计科位于四号楼七楼，现有职工14名，设科主任1名，主要由病案管理与卫生统计两大板块构成，下设病案流通、病案编码、卫生统计三类岗位，其中病案流通组4人，病案编码组8人，卫生统计组2人。作为医院职能科室，其主要职责是执行国家、省、市有关病案管理、医疗统计、疾病分类与代码标准、电子病历应用及DRG管理等相关政策、规定和标准；做好全院病案的收集、整理、编码、归档、保管及借阅服务工作；建立并维护全院住院病案首页数据库，实施病案首页质量动态监测；构建并落实“数据采集-质量管控-分析应用-反馈改进”的闭环管理体系（支持DRG付费改革）；对接国家三级公立医院绩效考核体系，提供手术占比、微创手术占比、四级手术比例等关键指标数据；加强与上级卫生行政部门、统计机构及兄弟医院的政策协调、数据核查与统计调查协作；做好病案管理知识与技能培训以及制度执行的监督管理工作；做好各类医疗统计报表的编制、上报工作及疾病谱分析、医疗质量指标监测等专项工作，为医院管理决策、临床科研、教学及医疗服务质量持续改进提供数据支持。

纪检监察室于2010年3月作为监察室成立，2018年12月更名为现名。现有主任1名、职工1名。作为医院党风廉政建设和行业作风建设的专职部门，其主要职责是执行国家法律法规、党纪党规及医疗卫生行业相关规章制度。